Schon knapp ein Jahr nach der Entdeckung fand die erste wissenschaftliche Grabung statt. Die Eile war berechtigt, ja notwendig. Die Conturineshöhle war nur provisorisch verschlossen und daher höchst gefährdet, von Raubgräben und Tropfsteindieben geplündert zu werden.
Es ist bewundernswert, wie rasch in Süpdtirol Entscheidungen getroffen, bürokratische Hürden übersprungen und Finanzmittel bereitgestellt werden konnten. Einer grundsätzlichen Besprechung im Winter 1988 im Denkmalamt der Autonomen Provinz Bozen-Südtirol folgte schon im Juni desselben Jahres eine Begehung der Höhle, bei der alle zuständigen Behörden und Institutionen (Denkmalamt, Naturparkverwaltung, Forstverwaltung, Institut für Paläontologie der Universität Wien) vertreten waren sowie der Höhlenentdecker Willy Costamoling. Wegen des langen Höhlenzustieges hielten wir es für sinnvoll, ein Biwak in der Höhle einzurichten. Weiters war eine Stromversorgung und eine Lichtleitung zu installieren. Um die eigentliche Grabungsausrüstung hatte sich unser Institut zu kümmern, was wegen unserer vieljährigen Grabungspraxis in kalkalpinen Höhlen leicht zu erfüllen war.

Die erste Grabungswkampagne wurde dann für die este Septemberhälfte angesetzt und war für zwei Wochen geplant. Als wir am 28. September anreisten und abends bei der Faneshütte eintrafen, waren wir doch etwar skeptisch, ob alles so funktionieren würde, wie wir uns das gedacht hatten. Wir sahen uns schon die schwere Ausrüstung stundenlang über steile Schutthalden hinaufschleppen, weil der Hubschrauber nicht kommt oder wesentliche Dinge vergessen worden waren. Dann klappte aber alles ausgezeichnet. Um 9 Uhr morgens, am 29. September 1988, kam pünktlich der Hubschrauber und brachte uns und die ganze Ausrüstung in fünf Flügen zur Höhle. Tief beeindruckt vom Flug und der großartigen Landschaft, standen wir vor der Höhle, als das Knattern des Hubschraubers verklang. Zu unserer Überraschung waren alle Vorbereitungen aufs beste getroffen worden, was wir vor allem dem Organisationstalent von Willy Costamoling zu verdanken haben. In der Eigangshalle war eine grün gestrichene Biwakschachtel aufgestellt, wie sie für die Dolomiten typisch ist: Klappbetten für neun Personen, ein schmaler Tisch und zwei sehr schmale Bänke.